O Parque Natural do Tejo Internacional encontra-se sob a influência climática do andar mesomediterrâneo seco a sub-húmido, apresentando um verão marcadamente quente e seco.
Em termos bioclimáticos o Parque Natural do Tejo Internacional inclui duas séries bioclimáticas: Série da azinheira, Quercus rotundifolia e a Série do sobreiro, Quercus suber.
São igualmente características as formações arbustivas correspondentes a estádios intermédios da sucessão vegetal: medronhais, zambujais, retamais, carrascais e estevais.

Adjacentes aos rios e ribeiros, encontram-se comunidades ripícolas. Junto ao leito do rio, em zonas de forte estiagem, são encontrados os tamujais, que constituem matagais com poucas árvores.
Os salgueirais constituem a primeira faixa de vegetação lenhosa em contacto com as águas correntes. Os freixiais surgem na faixa mais exterior relativamente ao curso de água.

A cobertura arbórea natural desta região é predominantemente constituída pela azinheira nas zonas médias e altas, bem como por freixo, salgueiros, tamujo e pelo amieiro nas zonas ripícolas.
Dada a intervenção antrópica, estão também presentes manchas arbóreas geridas, como os olivais, os eucaliptais e pinhais, assim como montados de azinho e de sobreiro.
O PNTI apresenta comunidades típicas dos ecossistemas mediterrânicos, destacando-se no coberto vegetal, para além do montado de sobro e azinho, as seguintes formações vegetais:

matagal mediterrânico com azinheiras, medronheiros, Arbutus unedo, carrascos, Quercus coccifera, terebintos, Pistacia terebinthus, aroeiras, Pistacia lentiscus e lentiscos, Phillyrea angustifolia, estevais, rosmaninhais e retamais, formações arbustivas mais ou menos abertas com oliveiras, Olea europaea subsp. europaea var. europaea e zambujeiros, Olea europaea subsp. europaea var. sylvestris e vegetação das linhas de água, com destaque para os tamujos, Fluggea tinctoria, as galerias ripícolas de salgueiros, Salix spp. e de freixos, Fraxinus angustifolia.

A cobertura arbórea natural do Parque Natural do Tejo Internacional é constituída por azinheira, Quercus rotundifolia nas zonas médias e altas, bem como por freixo, Fraxinus angustifolia, salgueiros, Salix spp., tamujo, Flueggea tinctoria e pelo mais raro amieiro, Alnus glutinosa nas zonas ripícolas.

Dada a intervenção humana, estão também presentes manchas arbóreas geridas, como os olivais, os eucaliptais e pinhais, assim como montados de azinho e de sobreiro.
Os eucaliptais dominam no território do Parque, seguidos dos zambujais e dos montados. Com uma superfície muito reduzida surgem os pinhais, os tamujais, as áreas florestais mistas e os bosques ribeirinhos.

Neste território foram identificados até à data 726 espécies de plantas vasculares pertencentes a 98 famílias botânicas, salientando-se 51 espécies endémicas.
O coberto arbustivo apresenta alguma diversidade, sendo bastante frequentes espécies como a esteva, Cistus ladanifer, o zambujeiro, a giesta-branca, Cytisus multiflorus, a giesta-amarela, Cytisus striatus, o piorno, Retama sphaerocarpa, o espinheiro-preto, Rhamnus lycioides subsp. oleoides, a aroeira, o terebinto, o aderno-de-folhas-largas,

Phillyrea latifolia, o carrasco, o rosmaninho-maior, Lavandula pedunculata, o trovisco, Daphne gnidium, o tojo-do-sul, Genista hirsuta, as urzes, Erica spp. e o alecrim, Rosmarinus officinalis. Embora menos frequente, pois restrita a condições mais particulares, é de salientar também a presença de espécies como o folhado, Viburnum tinus, o medronheiro, a pereira-brava, Pyrus bourgaeana, o pilriteiro, Crataegus monogyna e o zimbro, Juniperus oxycedrus subsp. oxycedrus.

Na área do PNTI foram identificados diversos habitats naturais de interesse comunitário (Anexo B-I da Diretiva Habitats), cuja distribuição se apresenta na imagem acima, encontrando-se somente cartografados os seguintes habitats: urzais; medronhais; carrascais e matagais afins; piornais; pastagens de gramíneas e anuais

(malhadais); comunidades vegetais em afloramentos rochosos; montados de azinho; bosques ribeirinhos (salgueirais e freixiais); tamujais e outros matos em leitos de cheia rochosos; azinhais.
Apresenta-se em seguida uma descrição sucinta dos tipos de habitats existentes no território do PNTI, bem como os habitats prioritários.

No território do PNTI é conhecida a presença de espécies de plantas com interesse conservacionista, quer por serem consideradas espécies raras, endémicas, ou ameaçadas, merecendo particular destaque os endemismos lusitânicos Festuca duriotagana e Linaria amethystea subs. multipunctata. A primeira ocorre nas margens do rios Douro e Guadiana e Alto Tejo. A segunda tem a sua distribuição limitada à Estremadura e Beira Litoral.

Para além de Anthyllis lusitanica encontram-se ainda listadas pela Diretiva Habitats, a gilbardeira, Ruscus aculeatus, as campainhas-amarelas, Narcissus bulbocodium e o lírio-amarelo-dos-montes, Xiphion vulgare. Evidencia-se, igualmente, a presença de salgueiro, Salix eleagnos no rio Erges, dado ser uma espécie muito pouco frequente na região e da Andryala ragusina, planta endémica da Península Ibérica com estatuto de rara.